5 марта 1991 года Верховным Советом Приднестровской Молдавской Советской Социалистической Республики было принято Постановление № 27 «О создании Республиканского управления науки, народного образования, культуры и религии». Начальником управления науки, народного образования, культуры и религии приднестровской МССР был назначен  Сафонов Андрей Михайлович. В одном органе государственного управления смогли объединить науку и религию, которые все 70 лет существования советского государства считались антиподами. Если бы не было Республики, то не было бы и Министерства просвещения. Именно 2 сентября 1990 года был заложен краеугольный камень в строительство центральных органов государственной власти, одним из которых и стало Республиканское управление науки, народного образования, культуры и религии. Для работы этого органа фактически не было никаких условий, все приходилось начинать с нуля: набирать кадры, обеспечивать рабочими местами, устанавливать вертикальные и горизонтальные связи и т.д. С этой задачей Республиканское управление в целом справилось. Была проведена инвентаризация всех учебных заведений, установлены рабочие контакты, проведены различные встречи, совещания. В начале 1992 года Верховный Совет принимает Концепцию непрерывного профессионального образования, благодаря которой существенной коррекции подвергается его содержание. Вводится стандартизация в образование, разграничиваются образовательные функции отдельных составляющих, что не только не нарушало, а напротив, укрепляло преемственность в обучении и развитии лучших традиций. С июня 1992 года начальником Республиканского управления науки, народного образования, культуры и религии Приднестровской Молдавской Республики становится Ведерникова Любовь Николаевна.

Вместе со становлением органа власти росли и набирались опыта кадры. Приоритетным направлением деятельности образования стало выполнение комплекса мероприятий по развитию официальных языков ПМР – русского, молдавского, украинского. Руководство Республики, учитывая реальную ситуацию, стремясь поднять авторитет и значимость этого органа, 8 сентября 1992 года принимает решение о формировании на базе Республиканского управления – Министерства науки, народного образования, культуры и культов. В этот же день Указом Президента Приднестровской Молдавской Республики создается Государственный Комитет по делам молодежи, спорта и туризма, который с 1990 до 1995 года при Государственной администрации г. Тирасполь выполнял функции республиканского органа исполнительной власти в названной области в составе города. Руководителем этого Комитета был назначен Скляренко Владимир Константинович.

Постепенно усложнялись задачи, связанные с развитием учебных заведений, совершенствовалась методическая работа, приходилось все больше внимания уделять материальному обеспечению организаций просвещения. Закономерными становятся реформы управленческих структур, позволяющие глубже вникать в производственные проблемы, быстрее реагировать на жизненные ситуации, возникающие в конкретном учреждении. С этой целью Постановлением Верховного Совета Приднестровской Молдавской Республики от 28 апреля 1995 года № 635 изменяется структура органа исполнительной власти и создается Министерство народного образования. Указом Президента Приднестровской Молдавской Республики от 22 августа 1995 года № 236 министром народного образования назначается Гайдаржи Георгий Харлампиевич.

23 июня 1995 года от Министерства народного образования отделяется Республиканское управление культуры, которое должно было осуществлять государственную политику в области культуры и искусства. Возглавил управление Криминский Александр Иванович. Эти преобразования при всех издержках организационно-строительного характера носили прогрессивный характер и позволили целенаправленно заниматься проблемами народного образования – Министерству народного образования, проблемами культуры – Республиканскому управлению культуры. 

5 февраля 1997 года в сферу руководства и развития со стороны Министерства народного образования попадает и наука, соответственно, этот орган стал называться Министерством народного образования и науки.

Учитывая достаточно стабильное развитие всех сфер общественной жизни, понимая необходимость более масштабной и более слаженной работы всех органов и учреждений науки, образования, культуры, спорта и молодежной политики, руководство Республики 25 июля 2000 года принимает решение о слиянии вышеназванных управленческих структур в единый государственный исполнительный орган – Министерство просвещения Приднестровской Молдавской Республики. Указом Президента Приднестровской Молдавской Республики от 25июля 2000 года № 229 министром просвещения назначена Бомешко Елена Васильевна. С этого момента начинается масштабная слаженная работа по обеспечению реализации государственной политики в важнейшей социальной сфере общества – в сфере просвещения.

28 февраля 2007 года Указом Президента Приднестровской Молдавской Республики № 188 утверждается Положение, структура и штатное расписание Министерства просвещения Приднестровской Молдавской Республики. Министром просвещения Приднестровской Молдавской Республики становится Пащенко Мария Рафаиловна. 

10 февраля 2012 г.  Постановлением Правительства ПМР № 7 утверждены Положение, структура и предельная штатная численность Министерства просвещения Приднестровской Молдавской Республики. №19 временно исполняющим обязанности министра просвещения Приднестровской Молдавской Республики назначена Никифорова Наталья Григорьевна. 

29 марта 2012 года, согласно Указу Президента ПМР № 223, министром просвещения Приднестровской Молдавской Республики становится Фадеева Светлана Ивановна.   

24 марта 2015 года Указом Президента Приднестровской Молдавской Республики № 126 «О назначении на должность министра просвещения Приднестровской Молдавской Республики» министром просвещения назначена Ирина Филипповна Кахановская.

13 июля 2015 года, согласно Указу Президента Приднестровской Молдавской Республики № 273 «О возложении исполнения обязанностей министра просвещения Приднестровской Молдавской Республики»  исполнение обязанностей министра просвещения Приднестровской Молдавской Республики возложено на Цивинскую Татьяну Владимировну.                              

12 августа 2015 года Указом Президента ПМР Т.В.Цивинская  назначена на должность министра просвещения Приднестровской Молдавской Республики.

30 декабря 2016 года  Указом Президента Приднестровской Молдавской Республики № 68 «О назначении на должность министра просвещения Приднестровской Молдавской Республики» министром просвещения назначена Логинова Татьяна Геннадьевна.

23 декабря 2019 г. Указом Президента ПМР №448 Николюк Алла Николаевна назначена на должность министра просвещения Приднестровской Молдавской Республики.

12 января 2022 года Указам Президента ПМР № 9 на должность министра просвещения Приднестровской Молдавской Республики назначена Иванишина Светлана Николаевна.